Ватерполо Секција формирана је при пливачкој 4. марта 1945. године. Први руководиоци Секције били су, за пливање др Миодраг Јеремић, за ватерполо др Душан Ђукић, а први тренер Радиша Пантовић. Прва такмичарска екипа играла је у саставу: Северин Бијелић, Божидар Вуксановић, Иван Гај, Слободан Ђурђевић, Александар Јовановић, Бошко Југовић, Радиша Пантовић, Војислав Пејовић, Миодраг Стоиљковић, Милош Терзић, Јарослав Хицл, Лука Цигановић, Жан Пјер Шаморел.

18. новембра 1968. године дефинитивно се раздвајају пливање и ватерполо и постају потпуно самостални клубови.

Сениорска екипа Црвене звезде учествовала је у пет савезних такмичења – Прва А савезна лига, Прва Б савезна лига, Зимско првенство Југославије, Куп Југославије и Друга савезна лига. На овим такмичењима освојене су две шампионске титуле и девет првих места у Другој лиги. Шампионску екипу, која је освојила титулу у сезони 1991-1992, водио је Никола Стаменић, а његов помоћник био је Михајло Шаин. Шампионски тим у сезони 1992- 1993. водио је Милорад Кривокапић, а његов помоћник био је Небојша Обрадовић.

На Зимским првенствима Југославије (играла се у истој такмичарској сезони са летњим) Црвена звезда је наступила осам пута, у интервалу између 1959. и 1972. године. На осам турнира Зимског првенства Црвена звезда је одиграла 50 утакмица, забележено је 12 победа, 7 нерешених резултата и 31 пораз. У такмичењу за Куп црвено-бели су учествовали 31 пут и одиграли 157 утакмица, при чему су остварили 60 победа, 14 ремија и 83 пораза. Најближи трофеју у најмасовнијем такмичењу црвено-бели делфини били су 1992. године. У два меча, за један гол (10:10 и 16:17), бољи је био Партизан.
Интересантно је да је Црвена звезда једини клуб који је три узастопне сезоне, 1985-1987, играо и Прву и Другу савезну лигу.

Наш клуб је три пута учествовао у такмичењу за ЛЕН Куп. У сезони 1997- 1998. у Истанбулу освојено је друго место и пласман у други круг. Други круг одигран је у Београду, али наши играчи су поражени у сва три меча, против грчког Халкида, италијанске Савоне и мађарског Ујпешта. Тим је наступио у саставу: Ненад Миланковић, Јован Тадић, Славко Гак, Давор Стоишић, Предраг Дамјанов, Александар Средановић, Марко Савић, Петар Пешић, Саша Новаковић, Милан Ћетковић, Мило Жмукић, Бранко Пековић, Миљан Чоловић, Божидар Дамјановић.

<span">Друго учешће у ЛЕН Купу десило се у сезони 1998.- 1999. у Будимпешти, где је освојено четврто место. Наступили су: Драган Јовановић, Јован Тадић, Петар Пешић, Мирослав Крстовић, Предраг Дамјанов, Александар Средановић, Балша Николић, Никола Јановић, Мило Жмукић, Милан Ћетковић, Миљан Чоловић, Бранко Пековић, Ненад Миланковић.

Трећи пут Звезда је заиграла у Купу ЛЕН-а у Дубровнику у сезони 1999 - 2000., и тада је освојена четврта позиција. За црвено-беле у Дубровнику су наступили : Драган Јовановић, Борис Жупановић, Урош Гановић, Мирослав Крстовић, Предраг Дамјанов, Александар Средановић, Балша Николић, Никола Јановић, Петар Пешић, Милан Ћетковић, Миљан Чоловић, Василије Ћетковић, Ненад Миланковић, Милан Вранеш, Александар Илић и Слободан Станковић.

Остаје велики жал што због санкција међународне заједнице према нашој земљи наш Ватерполо клуб као шампион Југославије 1992. и 1993. године није учествовао у Купу европских шампиона.

За освајање медаља на Олимпијским играма, Светским и Европским шампионатима 28 бивших играча Ватерполо клуба Црвена звезда добило је доживотно звање Заслужног спортисте.

За писање о свим учешћима и резултатима наших ватерполиста у Зимским првенствима и Другој савезној лиги, о свим тренерима млађих категорија, о учешћу и пласману екипа млађих категорија нашег клуба на завршним такмичењима у Државним првенствима, о Звездиним скоровима са појединим клубовима, о браћи која су играла у Звезди и о још многим куриозитетима била би неопходна посебна књига.

У јануару 2010. године Црвена звезда је почела нову причу. Уочи почетка сезоне 2012/2013 тим је појачан Прлаиновићем, Пијетловићем, Рађеном, Шефиком и Вапенским. Амбиције су порасле и резултати су стигли.

Црвена звезда је прво освојила Куп Србије и тако прекинула низ Партизана. Звезда је у полуфиналу Купа победила Војводину 12:7, док су црвено-бели у финалу после продужетака били бољи од Партизана (9:8).

У првенству је наш клуб стигао до титуле после пет сјајних утакмица са Радничким. Сусрети на Ташмајдану и у Крагујевцу су били прави спортски спектакл.

Звезда је 1. јуна 2013. године постала шампион Европе. Црвено-бели су на отвореном базену на Бањици пред 5.000 гледалаца победили Југ са 8:7 и освојили Лигу шампиона.

Трофеји:

Национални

Првенство СФРЈ (2): 1991/1992, 1992/1993

Првенство Србије (2): 2012/2013, 2013/2014

Куп Србије (2): 2012/2013, 2013/2014

Међународни

Лига шампиона (1): 2012/2013

Суперкуп Европе (1): 2013/2014